В папке CustomTools содержатся дополнительные инструменты для приложения Paint Tool SAI.
Для установки инструментов содержимое папки CustomTools следует скопировать в папку приложения Paint Tool SAI поверх имеющихся там одноименных файлов. При запуске приложения Paint Tool SAI инструменты будут установлены автоматически.
Если у вас не получается или кисти не появляются, значит вы что-то сделали не правильно! В папках с кистями содержится только файлы с текстурами новых кистей и блокнотами, чтобы эти кисти появились в программе.
На всякий случай сделайте копию папки Paint Tool SAI!